Historia 1939–1945
OKUPACYJNA PRZERWA
Różnorodna działalność Polonii została gwałtownie przerwana 1 września 1939 roku, w momencie wybuchu wojny polsko-niemieckiej, która następnie przerodziła się w konflikt ogólnoświatowy. W tym okresie losy członków Towarzystwa były podobne do losów milionów znajdujących się pod okupacjami Polaków. Niektórzy całe lata spędzili w obozach jenieckich lub koncentracyjnych, jak np. zasłużony dla Polonii zawodnik i trener Henryk Guttler, inni zostali wysiedleni z przyłączonego do Rzeszy Kraju Warty, a niektórzy, jak np. Leon Poplewski i Henryk Goss ponieśli największą ofiarę, oddali własne życie. Władze okupacyjne zabroniły Polakom uprawiania jakichkolwiek dyscyplin sportowych, a obiekty i majątek licznych przed wojną klubów sportowych znalazł się w rękach niemieckich. Na terenie przystani TW Polonia przez cały ten tragiczny czas mieścił się klub wioślarek, gdzie niemieckie dziewczęta ćwiczyły swoją kondycję i mięśnie przed oczekującą ich odpowiedzialną rolą żon i matek żołnierzy. Jego sielankową działalność przerwało gwałtownie w styczniu 1945 roku wkroczenie Armii Czerwonej. W trakcie krwawych walk o Poznań, a także po ich zakończeniu, przystań Polonii i znajdujący się na niej sprzęt, zostały jako majątek poniemiecki prawie całkowicie zniszczony. W okresie okupacji zaginęła większość trofeów, które w okresie przedwojennym zdobyli wioślarze Polonii, ocalał natomiast sztandar i pierwsza część Kroniki, które z narażeniem życia przechowywał Bernard Konieczny.